Інститут ядерних досліджень Національної академії наук України входить до складу Відділення ядерної фізики та енергетики НАН України
На сьогодні у структурі Інституту діє 17 наукових відділів.
Наукове та науково-організаційне управління Інститутом відповідно до Статуту здійснюється директором з урахуванням пропозицій вченої ради та дирекції. Робота наукових відділів відповідно Статуту ІЯД координується через секції вченої ради Інституту за науковими напрямами:
- ядерна фізика, фізика елементарних частинок і високих енергій;
- ядерна енергетика;
- радіаційна фізика та реакторне матеріалознавство;
- фізика плазми та керований термоядерний синтез;
- ядерна, радіаційна та техногенно-екологічна безпека.
До секції вченої ради з ядерної фізики фізики елементарних частинок і високих енергій входять 8 наукових відділів, у складі яких діють 6 неструктурних підрозділів – дві лабораторії, один сектор та три прискорювача:
- теорії ядра
- ядерних реакцій
- лабораторія ядерної електроніки та інформаційних технологій
- циклотрон У-240
- циклотрон У-120
- електростатичний прискорювач ЕПГ-10К
- фізики високих енергій
- структури ядра
- лабораторія теорії ядерних взаємодій та процесів
- сектор радіаційних технологій
- фізики лептонів
- фізики важких іонів
- теорії ядерних процесів
До секції вченої ради з ядерної енергетики входять 2 наукових відділи та два неструктурних підрозділи:
- Відділ проблем дозиметрії ядерних реакторів
- Відділ дослідницького ядерного реактора:
- Лабораторія нейтронної фізики
- Дослідницький ядерний реактор ВВР-М
До секції вченої ради з ядерної, радіаційної та техногенно-екологічної безпеки входить 3 наукових підрозділи, у складі яких діють 4 лабораторії:
- Центр екологічних проблем атомної енергетики
- лабораторія радіонуклідів та радіофармпрепаратів
- лабораторія ядерної криміналістики
- лабораторія фізико-технічних проблем джерел ядерних випромінювань
- відділ радіобіології та радіоекології
- лабораторія цитогенетики та до клінічного випробування радіофармпрепаратів
- навчальний центр з фізичного захисту, обліку та контролю ядерних матеріалів
В ІЯД також діють управлінські й допоміжні підрозділи, що забезпечують наукову-дослідну діяльність Інституту у сфері економіки, господарювання, функціонування інфраструктури, радіаційної безпеки та фізичного захисту.
В Інституті діють експериментальні ядерно-фізичні установки:
- дослідницький ядерний реактора ВВР-М з „гарячими” камерами,
- ізохронний циклотрон У-240,
- електростатичний прискорювач ЕГП-10К - тандем-генератор,
- циклотрон У-120,
- важкі захисні бокси,
- тритієва лабораторія;
- прискорювач електронів,
- інші установки та комплекси експериментального устаткування для проведення робіт за науковими напрямами Інституту.
Інститут має аспірантуру для підготовки докторів філософії в галузі природничих та біологічних наук за спеціальностями:
104 – «фізика та астрономія» зі спеціалізаціями:
- фізика ядра, фізика елементарних частинок і високих енергій,
- ядерно-фізичні установки,
- радіаційна фізика конденсованого стану,
- фізика плазми і керованого термоядерного синтезу;
091 - «біологія» зі спеціалізацією:
При Інституті діє Спеціалізована вчена рада Д 26.167.01 для розгляду та проведення захисту дисертацій на здобуття наукового ступеня доктора (кандидата) фізико-математичних та доктора технічних наук за спеціальностями:
- 01.04.16 – фізика ядра, елементарних частинок і високих енергій та
- 05.14.14 – теплові та ядерні енергоустановки.